El efecto sobre los cultivos habría que estudiarlo y mucho evidentemente, aunque no creo que hubiera problema haciendo los tratamientos adecuados (tendría que saber un poco más sobredesalinización de agua para estar seguro).
Pero el problema de la sal no es tal problema. El mar muerto tiene el problema de las grandes concentraciones de sal debido a que no tiene salida al mar (se llama mar muerto pero en realidad es un lago interior). Los grandes niveles de evaporación de la zona y las excasas precipitaciones, provocan que poco a poco desde que perdió su salida al resto del mar haya ido perdiendo terreno, pero como la sal no se evapora permanece la misma cantidad de sal en cada vez menos cantidad de agua.
En cambio el mediterraneo está conectado con todos los mares y oceanos del mundo y por tanto conectado con todas las precipitaciones que se producen en el mundo.
El agua no desaparece del planeta, se recicla constantemente, de forma que por mucha agua que retires del mar, siempre permanece aproximadamente constante con la aportación de lluvias y por tanto no puede aumentar la concentración de sal.
Sobre otro tipo de soluciones más baratas y más sencillas a corto plazo no entro a opinar, ni tengo datos para hacerlo ni me corresponde a mi hacerlo.