Pues diferencias hay muchisimas, para empezar en la F3000 todos los motores y todos los chasis son iguales para todos los equipos, sólo cambian los pilotos y la puesta a punto de los coches.
En cuanto a la parte visible un F3000 está mucho menos desarrollado que un F1 obviamente.
Voy a ponerte dos fotos, una es un Jordan de F1 y la otra un Supernova (filial de Jordan en F3000) y veras como aparte de una forma parecida poco tienen en común.

Evidentemente el F3000 es mucho más tosco, se hace un chasis que sea barato de realizar en lugar de intentar que sea más rápido que los demás, ya que todos son iguales.
En cuanto a motor ni te cuento, corren muchisimo menos, también porque la idea es tener un motor fiable y barato e igual para todos los equipos. Hace poco corrían más los TWS que los F3000 no se como andarán ahora.